Андрей Малышев родился 24 августа 1984 года. Окончил Всероссийский государственный институт кинематографии имени С.А. Герасимова.
Член Гильдии продюсеров России, Генеральный продюсер ООО «Кинокомпания «АМА». Андрей Владимирович является продюсером более 50 документальных фильмов. Среди них такие, как «Большие каникулы 1930-х», «Сталин», «История неисторического» и «Любовь».
С 2007 по 2015 и в 2018-по 2023 годы занимал пост генерального директора Федерального государственного бюджетного учреждения культуры «Росконцерт». В 2015 году, на протяжении трех лет возглавлял Департамент государственной поддержки искусства и народного творчества.
В 2023 году Андрей Малышев назначен на пост замминистра культуры РФ.